黄连素，学名“盐酸小檗碱”，是从黄连、黄檗中提练出来的一种生物碱，对多种细菌，特别对痢疾杆菌作用最强，通常用于治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化疾病。 长期大量服用黄连素的副作用： 首先是导致肠道PH值(酸碱度)的改变，影响肠道消化酶的活性； 其次渗透压高，长期服用某些药物将刺激肠道蠕动速度加快，食物靡团和肠道接触的有效时间减少，减短了吸收营养物质的时间； 第三是药物对肠道益生菌(正常菌群)的活性，有抑制作用，长期服用某些药物，会破坏人对维生素族及脂肪酸的吸收，而导致各种系统出现疾病。 病例： 山西阳城60岁的杨老先生，自98年以来因胃烧心，在接下来的7年时间里吃黄连素上了“瘾”，每天大剂量服用黄连素18片，超出正常用药范围的一半剂量，结果导致周围神经炎，膝关节、腕关节感觉减退，并出现自发性疼痛，双脚无法着地，双手无法触碰。最近症状更加严重，已有一个多月时间，双手不能沾水。 诊断：长期大剂量服用黄连素导致B族维生素吸收障碍，从而出现周围神经炎。

黄连素也是抗生素的一种不可以长期服用。长期腹泻会造成肠道受损应该服用修复肠道的中药，比如康恩贝肠炎宁。