阴道微生物菌群主要栖居在阴道侧壁的粘膜、皱褶中，其次在阴道穹窿和宫颈处。
健康妇女阴道排出物中的活菌数为100~1亿个/毫升。阴道正常菌群中最重要的成员是乳酸杆菌，其数量可达8000万个/毫升，其功能主要是保护阴道不受外来菌的侵袭，是阴道的“健康卫士”，所以医学上常以阴道分泌物中乳酸杆菌的数量来确定阴道的清洁度及判断阴道自洁功能的好坏。有学者调查了40名健康育龄妇女，92.5%都有乳酸杆菌。如果经常使用阴道清洁液冲洗阴道，乳酸杆菌就会减少！
每周冲洗一次或一次以上的女性，可明显增加盆腔感染的机会，中度增加宫外孕的危险，冲洗越频繁，盆腔感染的危险性就越大。据报道，用阴道冲洗液的妇女比不用阴道冲洗液的妇女盆腔感染危险率增高了73%。这是由于冲洗液破坏了阴道的自洁功能，导致病原菌乘虚而入，沿宫颈上行至子宫和输卵管，引发盆腔感染。
所以，一般情况下，由于阴道正常菌群具有“自洁功能”，无需用灌洗液冲洗阴道。